Le conseil de direction, composé des directions des bibliothèques des 18 établissements universitaires du Québec ainsi que du siège social de l’Université du Québec, veille à l’élaboration de la planification stratégique et du budget, à l’atteinte des objectifs, au bon fonctionnement et au développement du Partenariat. Le conseil de direction nomme trois personnes dirigeantes parmi ses membres (présidence, présidence entrante et présidence sortante), pour une période de trois ans.
C’est l’assemblée des membres, composée de la vice-rectrice ou du vice-recteur (ou l’équivalent) responsable de la Bibliothèque de chaque membre, qui a pour responsabilité d’approuver la planification stratégique, le bilan financier ainsi que les prévisions budgétaires.
Le comité de gestion des opérations veille, quant à lui, de concert avec la direction du PBUQ, à l’application des décisions du conseil de direction et à l’opérationnalisation des activités et services courants. Il est responsable d’approuver certaines dépenses, de préparer les rencontres et les dossiers du conseil de direction et de l’assemblée des membres, et d’approuver la composition, le bilan et le plan de travail des comités et groupes de travail. Le mandat des membres du comité de gestion est d’une durée de deux ans et renouvelable une fois. La composition globale du CGO doit inclure au moins une personne issue d’un établissement de grande taille, une d’un établissement de petite taille (moins de 10 000 EETC), une d’un établissement anglophone et une d’un établissement du réseau de l’UQ.
Enfin, la direction du PBUQ, nommée par le conseil de direction, assume un rôle stratégique dans la réalisation de la mission et l’atteinte des objectifs du PBUQ.